Le Frison est probablement le résultat d'un croisement entre l'ancien cheval continental de type lourd et le cheval celtique plus léger, le Tarpan. Depuis l'Antiquité, la race a subi des apports de sangs andalou et castillan, occasionné par les guerres et le commerce. Le Frison était un cheval de trait adapté à tirer les charrues pour le travail de la terre. Il s'est au fur et à mesure allégé et affiné grâce au sang espagnol. Jules César l'apprécia, puisqu'il évoqua « les formidables chevaux de bataille du peuple frison ». En son temps, quelques-uns de ces chevaux furent emmenés en Angleterre par les Romains. Ils participèrent ainsi à l'élaboration de races reconnues comme les poneys Fells, Dales et les Clydesdales. Au Moyen Âge, il bénéficia de l'engouement de la noblesse pour les chevaux blancs ou noirs à crinière longue et aux allures relevées. Il était alors exclusivement réservé aux seigneurs.
Jument et poulain frisonAux XVIe siècle et XVIIe siècle siècle, il reçut du sang andalou qui lui apporta son trot gracieux et son port d'encolure altier. Ses allures hautes et légères lui valurent une bonne réputation pour la haute école. Au XVIIIe siècle, les officiers supérieurs de l'armée profitèrent de ses allures relevées, de son trot léger et rapide, de son port d'encolure et de son allure sombre pour intimider l'ennemi au combat.
Au XIXe siècle, avec la nouvelle mode des courses de trot, les courses de frisons montés ou attelés à la chaine frisonne devinrent très populaires. Ce trotteur fut paradoxalement menacé d'extinction. En effet, réputé le plus rapide d'Europe, le Frison fut victime de son propre succès : pour améliorer ses performances, les éleveurs n'hésitèrent pas à le croiser avec des Trotteurs Orlov de Russie et des Morgans américains, d'où naquit l'Oldenbourg. La modernisation de l'agriculture finit par mettre la race en péril. Ainsi, en 1865, la loi visant à protéger l'élevage frison fut abrogée et les importations de chevaux lourds, plus aptes à tracter les machines agricoles, furent permises.
C'est en plein c½ur de la crise, en 1879, que le stud-book du Frison s'ouvrit grâce à deux nobles nostalgiques, C. Van Eyzinga et A.J Velligen, que suivirent des paysans fidèles à leurs chevaux traditionnels. En 1913, ils regroupèrent les trois seuls étalons frisons qui restaient encore dans une vaste bâtisse : Prins 109, le premier étalon approuvé par le FPS, Friso 117, et Alva 113. Malgré tous leurs efforts, il ne restait en 1913 que quelques centaines de juments et trois étalons âgés, dont Alva 113, mort en 1915, qui fut le premier étalon « preferent » (prédicat décerné à un sujet ayant contribué à l'amélioration de la race) et qui fut l'un des quatre pères de la race du Frison actuel.